Die "Stiftung Emmaus gemeinsam auf dem Weg" ist eine nichtrechtsfähige kirchliche Stiftung in der Verwaltung der Evangelischen Emmaus-Gemeinde Frankfurt und wird folglich von dieser im Rechts- und Geschäftsverkehr vertreten. Die Stiftung unterliegt der Stiftungsaufsicht der Evangelischen Kirche in Hessen und Nassau.

Der Treuhänder, also die Gemeinde, handelt für die Stiftung, er ist erbfähig und ist Eigentümer des Stiftungskapitals.

Organe der Stiftung sind die Stiftungsversammlung und das Kuratorium. Wer mindestens 500 Euro (zu-) gestiftet hat, ist Mitglied der Stiftungsversammlung und damit stimmberechtigt, ein Kuratoriumsmitglied zu wählen.
Die anderen beiden Kuratoriumsmitglieder werden vom Kirchenvorstand gewählt. So ist eine enge Verzahnung zwischen Stiftung und Gemeinde gewährleistet.
Die Mitglieder des Kuratoriums sind ehrenamtlich tätig. Das Kuratorium beschließt auf Antrag des Kirchenvorstandes der Evangelischen Emmaus-Gemeinde Frankfurt über die Verwendung der Stiftungsmittel. In der jährlichen Stiftungsversammlung werden die (Zu-) StifterInnen durch das Kuratorium über die Entwicklung und die Vorhaben der Stiftung informiert.

Die Stiftung wurde am 1. Oktober 2007 gegründet, gemeinschaftlich von 38 Gründungsstifterinnen und Gründungsstiftern sowie der Gemeinde mit einem Anfangskapital von insgesamt 51.000 Euro.